Die Szintigraphie ist wie eine Röntgenuntersuchung mit einer geringen Strahlenbelastung verbunden, die jedoch im Verhältnis zum diagnostischen Gewinn steht. Um die Strahlenbelastung möglichst gering zu halten werden Radionuklide verwendet, die eine kurze physikalische Halbwertszeit und eine Gammastrahlung niedriger Energie aufweisen. Außerdem werden Trägersubstanzen verwendet, die rasch aus dem Körper ausgeschieden werden. Aus diesen Gründen ist die Wirkungsdauer der verabreichten Radioaktivität auf Minuten bis Stunden begrenzt. Dadurch wird die Strahlenbelastung, die bei der Szintigraphie je nach Untersuchungsziel variiert, so niedrig wie möglich gehalten. Sie liegt für den Patienten bei den meisten Untersuchungen etwas unter dem Dosisbereich der Röntgenuntersuchungen.

Das bedeutet, dass auch Kinder prinzipiell untersucht werden können, wobei hier grundsätzlich auf die strahlenfreien Methoden, wie MRT oder Ultraschall ausgewichen werden sollte. In bestimmten Fällen, z.B. nach Kindes- mißhandlungen, ist jedoch eine Skelettszintigrafie hilfreich, um Schäden am Skelett aufzuspüren und danach gezielt zu untersuchen. Dies erspart den Kindern häufig unnötige Röntgenuntersuchungen.

Die vom Patienten unmittelbar nach der Szintigraphie eine Zeit lang abgegebene Strahlendosis ist so niedrig, dass zwar Kinder und Schwangere unmittelbar nach der Untersuchung den engen Kontakt zum Untersuchten eine Zeit lang meiden sollten, sonst aber keine besonderen Vorsichtsmaßnahmen nötig sind.

Vorsicht ist bei jüngeren Frauen und Mädchen gegeben, da sich das ausgeschiedene Nuklid in der Harnblase sammelt und von dort längere Zeit auf die Geschlechtsorgane einwirken kann, sofern die Harnblase nicht sofort entleert wird. Frauen mit Kinderwunsch sollten sich daher nicht einer Szintigrafie unterziehen und auf andere Methoden ausweichen.

Um die Ausscheidung der radioaktiven Abbauprodukte über die Nieren zu beschleunigen, ist es empfehlenswert nach der Durchführung der szintigraphischen Untersuchung vermehrt Flüssigkeit zu sich zu nehmen.

Die Risiken der Strahlung bei der diagnostischen Radiologie werden auf der Seite Röntgendiagnostik ausführlich behandelt.